>Выглядит как будто эхи есть в конфиге, но отсутствуют в базе. Они у тебя точно сфетчены?
Да сфетчены, постоянно фетчер работает...

Или надо его запускать с какими-то параметрами, чтобы сделать что-то вроде первого инит?

Вот кусок лога фетчера...
======

./fetch-idec.sh
Работа с https://ii-net.tk/ii/ii-point.php?q=/
Получение списка возможностей ноды...
Получение количества сообщений в конференциях...
Получение индекса от ноды...
Построение разностного индекса...
Новых сообщений не обнаружено.
Получение индекса файлэх.
Построение разностного индекса.
Работа с http://idec.spline-online.tk/
Получение списка возможностей ноды...
Получение количества сообщений в конференциях...
Получение индекса от ноды...
Построение разностного индекса...
Новых сообщений не обнаружено.
Получение индекса файлэх.
Построение разностного индекса.
Работа с http://ii.club.syscall.ru/
Получение списка возможностей ноды...
Получение количества сообщений в конференциях...
Получение индекса от ноды...
Построение разностного индекса...
Новых сообщений не обнаружено.
Получение индекса файлэх.
Построение разностного индекса.
======